台風19号が本州に上陸した12日、新千歳空港には本州から航空機が次々と避難してきた。風にあおられたり飛来物で損傷したりするのを防ごうと、主に羽田、成田両空港から来た70機以上が一時ひしめいた。航空各社の要請を受け、国土交通省新千歳空港事務所が滑走路2本のうち1本を駐機用スペースに充てる異例の対応をした。
新千歳では同日午前7時45分ごろ~13日同9時ごろ、着陸に使うB滑走路の運用を休止。通常ダイヤの半数超が欠航し、退避機や運休しなかった便はA滑走路のみを使って離着陸を行った。
なお、同事務所によると、新千歳空港では12、13両日、計379便が欠航した。台風が直撃した羽田や成田を結ぶ路線が欠航便の半数以上を占めた。
12日の欠航は263便。路線別では航空各社が朝の数便を除き運航を取りやめた羽田線が101便、成田線が35便。
13日の欠航は116便。昼過ぎまで運休が続いた羽田線が51便、成田線が25便などとなった。